Το έλκος του κερατοειδούς σχηματίζεται όταν καταστραφεί  η επιφάνεια του κερατοειδούς.

Τα έλκη μπορεί να είναι στείρα (χωρίς μικρόβια) που λέγονται άτονα έλκη, ή μολυσμένα.

Ο όρος «διήθηση» χρησιμοποιείται, επίσης, παράλληλα με το έλκος. Η διήθηση αναφέρεται σε μία ανοσολογική αντίδραση που προκαλεί συσσώρευση  αντισωμάτων ή υγρού σε μια περιοχή του σώματος.

Είναι σημαντικό για τον οφθαλμίατρο να καθορίσει την πορεία της θεραπείας, είτε το έλκος είναι «μολυσματικό» είτε όχι.

Τα βακτηριδιακά έλκη τείνουν να προκαλούν αρκετό πόνο και συσχετίζονται συνήθως με μια οπή στο επιθήλιο, δηλαδή την επιφανειακή στιβάδα του κερατοειδούς. Σε μερικές περιπτώσεις, η μικροβιακή αντίδραση προσβάλει και τον οπίσθιο θάλαμο παράλληλα με τον κερατοειδή. Συχνά είδη βακτηριδίων, όπως η ψευδομονάδα είναι πολύ «επιθετικά» και μπορεί να προκαλέσουν σοβαρότατη «ζημιά» ακόμα και τύφλωση μέσα σε 24-48 ώρες εάν μείνει χωρίς θεραπεία.

Τα άτονα (στείρα) έλκη προκαλούν ελάχιστο πόνο ή και καθόλου. Συχνά ανευρίσκονται κοντά στην άκρη του κερατοειδούς και πολλές φορές δεν συνοδεύονται από διάσπαση του επιθηλίου του κερατοειδούς αλλά παρουσιάζουν διήθηση των κυττάρων γύρω τους.

Υπάρχουν πολλές αιτίες που προκαλούν έλκος κερατοειδούς. Οι χρήστες των μαλακών, κυρίως, φακών επαφής έχουν αυξημένες πιθανότητες έλκους εάν δεν τηρούν αυστηρά τους κανόνες χρήσης, καθαριότητας και απολύμανσης των φακών και των θηκών. Οι μαλακοί φακοί επαφής είναι σχεδιασμένοι έτσι ώστε να έχουν υψηλή περιεκτικότητα σε νερό, οπότε μπορούν πολύ εύκολα να απορροφήσουν βακτήρια και μικρόβια εάν δεν ‘φροντίζονται’ κατάλληλα. Η ψευδομονάδα είναι συχνή αιτία έλκους κερατοειδούς και παρατηρείται συχνά σε χρήστες φακών επαφής.

Τα βακτηριδιακά έλκη μπορεί να συσχετιστούν με παθήσεις που προσβάλουν την επιφάνεια του κερατοειδούς, δίνοντας έτσι την ευκαιρία στους μικροοργανισμούς να μολύνουν τον κερατοειδή.

Επίσης, μπορεί να προσβληθούν άτομα με έντονη ξηροφθαλμία ή με δυσκολία στο βλεφαρισμό.

Άλλες αιτίες έλκους μπορεί να είναι μολύνσεις από τον ιό του έρπητα ζωστήρα, φλεγμονώδεις ασθένειες, απόξεση κερατοειδούς ή κακώσεις /τραύμα ή άλλες συστηματικές παθήσεις.